El Parque Zoológico del Bicentenario es una obra realizada por el Ayuntamiento de Mérida para celebrar 200 años de la Independencia de México. El 8 de febrero de 2009 se colocó la primera piedra.

El 28 de abril de 2010 se recibieron los primeros animales provenientes del Centenario, alrededor de 200 ejemplares entre borregos de berbería y avestruces. El 28 de abril del mismo año se enciende por primera vez la iluminación de la Estela maya, ícono representativo del parque.

Obtiene su registro como Unidad de Manejo y Aprovechamiento de la Vida Silvestre (UMA) en 2011.

El 19 de agosto de 2014 se abre un espacio para los amantes de las plantas con orquídeas, bromeliáceas, cactáceas y aráceas, con el jardín botánico. El 27 de agosto de 2014 se inauguró el refrescante parque acuático para ofrecer a los ciudadanos una opción más de convivencia y diversión familiar.

El 20 de marzo de 2015 el herpetario inició su exhibición con serpientes, cocodrilos y tortugas.

En octubre del 2021, se constituye ante la SEMANARNAT como un Centro de Conservación de la Vida Silvestre.